合併は原則現金の分配を受けないので課税しない。合併時に被合併会社の簿価を超えて受け入れた場合評価益が生じる。また課税上問題になるのは、合併比率、合併差益、清算所得課税、みなし配当課税がある。
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合併比率は、合併会社と被合併会社の株式の交換比率です。この比率は、1株当りの合併会社と被合併会社の価値を算出して決定される。
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合併会社は包括的に被合併会社のすべての資産・負債を引き継ぐ。被合併会社の資産を評価を増加して受け入れた場合、合併差益課税される。
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被合併会社の資本金、資本積立金、利益準備金より、合併増加資本金、合併交付金が大きいとき、清算所得が発生する。新株の交付額が被合併会社の払込資本を超えるときは、みなし配当が発生する。